Le produzioni animali presentano però alcune problematiche dal punto di vista ambientale di cui è necessario tenere conto: ad esempio contribuiscono alla produzione di gas ad effetto serra, liberano azoto nell’atmosfera e nelle acque, rilasciano residui di antibiotici e medicinali veterinari nei suoli e nelle acque. Tra le produzioni animali alcune risultano più impattanti sull’ambiente di altre. Ad esempio la produzione della carne bovina ha un costo ambientale elevato mentre la carne di altre specie (suino, pollo) risulta meno impattante.
Gli allevamenti intensivi che concentrano in poco spazio molti animali e fanno largo uso di mezzi produttivi (trattori e macchine, fertilizzanti, diserbanti, mangimi, ecc.) sono generalmente accusati di avere un impatto ambientale superiore a quello degli allevamenti estensivi che fanno uso di prati e pascoli e utilizzano pochi mezzi di produzione.